1. Aroma

Perbedaan utama yang membedakan Pandan Wangi dengan beras lainnya ialah aromanya yang mirip pandan. Aroma pandannya tercium, baik saat masih menjadi beras maupun setelah menjadi nasi.

2. Cara Penanaman

Perbedaan yang kedua adalah cara penanaman dan perawatan yang khusus. Misalnya Padi Pandan Wangi harus memakai pupuk organik dan pembasmi hama organik untuk menjaga kualitasnya. Kurun waktu persemaian bibit Pandan Wangi adalah 30 hari, sedangkan Padi Konvensional 20 hari.Usia Panen Padi Pandan Wangi juga berbeda dengan padi lainnya yaitu 150 hari sehingga untuk satu tahun maksimal petani bisa panen Padi Pandan  Wangi dua kali saja. Sedangkan usia panen padi konvensional yaitu 120 hari sehingga dalam satu tahun petani bisa Panen tiga kali.

3. Morfologi

Perbedaan yang ketiga adalah bentuknya. Pandan wangi asli bentuknya bulat berbeda dengan beras lainnya yang bentuknya pipih dan panjang. Memiliki warna yang cenderung bening kekuningan. Selain itu, beras pandan wangi juga ada warna putih seperti telur di tengahnya.